1. Exclusão do colaborador apenas no eSocial.

Vai no menu de eSocial > Colaboradores > Exclusão de Colaborador na tela seleciona o funcionário e clica no botão carregar e então ele vai aparecer o envio da admissão do funcionário e assim você agora clica no botão "Processar" e ai o sistema vai gerar na tela de não peródicos um leiaute S-3000 para que você enviar.

2. Exclusão de cadastro do funcionário do Sistema e do eSocial:

Vai no menu Colaboradores > Ficha Cadastral > Empregados e puxa o cadastro do funcionário e depois no lado direito clicar no botão chamado "Excluir" 

O sistema vai emitir avisos e/ou confirmações

Clicando em "Sim" nos dois o sistema vai efetuar a exclusão e lá na tela de não periódicos vai ser gerado um leiaute S-3000 de exclusão do eSocial para que você possa enviar.

OU

Você poderá também ir menu Diversos > Utilitários > Exclusão de Colaborador e na tela que se abre selecione a "Empresa", "Tipo do Colaborador" e o "Colaborador" e depois clique no botão chamado "Processar" e assim ele irá apagar o cadastro do funcionário em questão.

O sistema vai emitir avisos e/ou confirmações

Clicando em "Sim" nos dois o sistema vai efetuar a exclusão e lá na tela de não periódicos vai ser gerado um leiaute S-3000 de exclusão do eSocial para que você possa enviar.