Como no Extrator DIRF vão constar as informações que a Receita Federal possui, sugerimos que a conferencia seja feita considerando o relatório de conferencia do eSocial, o S-5002, já que a empresa deve utilizar o mesmo para realizar as conferencias mensais. 

Quando o S-5002 é listado no no formato Original eSocial ele traz todas informações. Na tela de entrada do relatório, no campo Exibir em Colunas utilize a opção Não - Original eSocial para que sejam listadas todas essas informações que você deseja.

Menu eSocial > Eventos Periódicos > Arquivos de Retorno --> Modelo de número 002 - S-5002 - IRRF por trabalhador

Porém creio também que o o relatório de conferência da DIRF pode ajudar nessa conferência, opinião minha tá. Porém só precisa gerar as informações:

1 - Anuais > Informe/DIRF > Gerar -- Gere o ano base em questão

2 - Depois vai em Menu Anuais > Informe/Dirf > Listar > Dirf --> 

Modelo de número 006 - DIRF - Relação de Beneficiarios.

OU

Menu Anuais > Informe/Dirf > Listar > Informe

Modelo de número 006 - Conferência Informe/Dirf - Valores de IRRF

Para gerar o informe de rendimento no sistema:

Menu Anuais > Informe/Dirf > Listar > Informe --> Modelo de número 001.